2.1. Ensemble information?
This entry consists of 0 distinct ensemble.
2.2. Representation ?
This entry has 1 representation(s).
| ID | Model(s) | Entity ID | Molecule name | Chain(s) [auth] | Total residues | Rigid segments | Flexible segments | Model coverage/ Starting model coverage (%) |
Scale |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | 1 | Lignin | A [L10] | 20 | - | 1-20 |
100.00
/ 100.00 |
Atomic |
| B [L21] | |||||||||
| C [L32] | |||||||||
| D [L43] | |||||||||
| E [L54] | |||||||||
| F [L65] | |||||||||
| G [L76] | |||||||||
| H [L87] | |||||||||
| I [L98] | |||||||||
| J [L109] | |||||||||
| K [L11a] | |||||||||
| L [L12b] | |||||||||
| M [L13c] | |||||||||
| N [L14d] | |||||||||
| O [L15e] | |||||||||
| P [L16f] | |||||||||
| Q [L17g] | |||||||||
| R [L18h] | |||||||||
| S [L19i] | |||||||||
| T [L20j] | |||||||||
| U [L21k] | |||||||||
| V [L22l] | |||||||||
| W [L23m] | |||||||||
| X [L24n] | |||||||||
| Y [L25o] | |||||||||
| Z [L26p] | |||||||||
| AA [L27q] | |||||||||
| AB [L53Q] | |||||||||
| AC [L79k] | |||||||||
| AD [L105K] | |||||||||
| BA [L28r] | |||||||||
| BB [L54R] | |||||||||
| BC [L80l] | |||||||||
| BD [L106L] | |||||||||
| CA [L29s] | |||||||||
| CB [L55S] | |||||||||
| CC [L81m] | |||||||||
| CD [L107M] | |||||||||
| DA [L30t] | |||||||||
| DB [L56T] | |||||||||
| DC [L82n] | |||||||||
| DD [L108N] | |||||||||
| EA [L31u] | |||||||||
| EB [L57U] | |||||||||
| EC [L83o] | |||||||||
| ED [L109O] | |||||||||
| FA [L32v] | |||||||||
| FB [L58V] | |||||||||
| FC [L84p] | |||||||||
| FD [L110P] | |||||||||
| GA [L33w] | |||||||||
| GB [L590] | |||||||||
| GC [L85q] | |||||||||
| GD [L111Q] | |||||||||
| HA [L34x] | |||||||||
| HB [L601] | |||||||||
| HC [L86r] | |||||||||
| HD [L112R] | |||||||||
| IA [L35y] | |||||||||
| IB [L612] | |||||||||
| IC [L87s] | |||||||||
| ID [L113S] | |||||||||
| JA [L36z] | |||||||||
| JB [L623] | |||||||||
| JC [L88t] | |||||||||
| JD [L114T] | |||||||||
| KA [L37A] | |||||||||
| KB [L634] | |||||||||
| KC [L89u] | |||||||||
| KD [L115U] | |||||||||
| LA [L38B] | |||||||||
| LB [L645] | |||||||||
| LC [L90v] | |||||||||
| MA [L39C] | |||||||||
| MB [L656] | |||||||||
| MC [L91w] | |||||||||
| NA [L40D] | |||||||||
| NB [L667] | |||||||||
| NC [L92x] | |||||||||
| OA [L41E] | |||||||||
| OB [L678] | |||||||||
| OC [L93y] | |||||||||
| PA [L42F] | |||||||||
| PB [L689] | |||||||||
| PC [L94z] | |||||||||
| QA [L43G] | |||||||||
| QB [L69a] | |||||||||
| QC [L95A] | |||||||||
| RA [L44H] | |||||||||
| RB [L70b] | |||||||||
| RC [L96B] | |||||||||
| SA [L45I] | |||||||||
| SB [L71c] | |||||||||
| SC [L97C] | |||||||||
| TA [L46J] | |||||||||
| TB [L72d] | |||||||||
| TC [L98D] | |||||||||
| UA [L47K] | |||||||||
| UB [L73e] | |||||||||
| UC [L99E] | |||||||||
| VA [L48L] | |||||||||
| VB [L74f] | |||||||||
| VC [L100F] | |||||||||
| WA [L49M] | |||||||||
| WB [L75g] | |||||||||
| WC [L101G] | |||||||||
| XA [L50N] | |||||||||
| XB [L76h] | |||||||||
| XC [L102H] | |||||||||
| YA [L51O] | |||||||||
| YB [L77i] | |||||||||
| YC [L103I] | |||||||||
| ZA [L52P] | |||||||||
| ZB [L78j] | |||||||||
| ZC [L104J] | |||||||||
| 5 | Xylan-m8 | AE [X37f] | Non-polymeric | - | - |
Not available
/ Not available |
Atomic | ||
| AF [X21F] | |||||||||
| BE [X38g] | |||||||||
| CE [X39h] | |||||||||
| DE [X40i] | |||||||||
| EE [X41j] | |||||||||
| FE [X42k] | |||||||||
| QF [X58V] | |||||||||
| RF [X59W] | |||||||||
| SF [X60X] | |||||||||
| VE [X16A] | |||||||||
| WE [X17B] | |||||||||
| XE [X18C] | |||||||||
| YE [X19D] | |||||||||
| ZE [X20E] | |||||||||
| 6 | Cellulose | AG [CEL17] | Non-polymeric | - | - |
Not available
/ Not available |
Atomic | ||
| AH [CEL2x] | |||||||||
| AI [CEL4n] | |||||||||
| AJ [CEL5d] | |||||||||
| AK [CEL73] | |||||||||
| AL [CEL8t] | |||||||||
| BG [CEL18] | |||||||||
| BH [CEL2y] | |||||||||
| BI [CEL4o] | |||||||||
| BJ [CEL5e] | |||||||||
| BK [CEL74] | |||||||||
| BL [CEL8u] | |||||||||
| CG [CEL19] | |||||||||
| CH [CEL2z] | |||||||||
| CI [CEL4p] | |||||||||
| CJ [CEL5f] | |||||||||
| CK [CEL75] | |||||||||
| CL [CEL8v] | |||||||||
| DG [CEL1a] | |||||||||
| DH [CEL30] | |||||||||
| DI [CEL4q] | |||||||||
| DJ [CEL5g] | |||||||||
| DK [CEL76] | |||||||||
| DL [CEL8w] | |||||||||
| EG [CEL1b] | |||||||||
| EH [CEL31] | |||||||||
| EI [CEL4r] | |||||||||
| EJ [CEL5h] | |||||||||
| EK [CEL77] | |||||||||
| EL [CEL8x] | |||||||||
| FG [CEL1c] | |||||||||
| FH [CEL32] | |||||||||
| FI [CEL4s] | |||||||||
| FJ [CEL6i] | |||||||||
| FK [CEL78] | |||||||||
| FL [CEL8y] | |||||||||
| GG [CEL1d] | |||||||||
| GH [CEL33] | |||||||||
| GI [CEL4t] | |||||||||
| GJ [CEL6j] | |||||||||
| GK [CEL79] | |||||||||
| GL [CEL8z] | |||||||||
| HG [CEL1e] | |||||||||
| HH [CEL34] | |||||||||
| HI [CEL4u] | |||||||||
| HJ [CEL6k] | |||||||||
| HK [CEL7a] | |||||||||
| IG [CEL1f] | |||||||||
| IH [CEL35] | |||||||||
| II [CEL4v] | |||||||||
| IJ [CEL6l] | |||||||||
| IK [CEL7b] | |||||||||
| JG [CEL1g] | |||||||||
| JH [CEL36] | |||||||||
| JI [CEL4w] | |||||||||
| JJ [CEL6m] | |||||||||
| JK [CEL7c] | |||||||||
| KG [CEL1h] | |||||||||
| KH [CEL37] | |||||||||
| KI [CEL4x] | |||||||||
| KJ [CEL6n] | |||||||||
| KK [CEL7d] | |||||||||
| LG [CEL2i] | |||||||||
| LH [CEL38] | |||||||||
| LI [CEL4y] | |||||||||
| LJ [CEL6o] | |||||||||
| LK [CEL7e] | |||||||||
| MG [CEL2j] | |||||||||
| MH [CEL39] | |||||||||
| MI [CEL4z] | |||||||||
| MJ [CEL6p] | |||||||||
| MK [CEL7f] | |||||||||
| NG [CEL2k] | |||||||||
| NH [CEL3a] | |||||||||
| NI [CEL50] | |||||||||
| NJ [CEL6q] | |||||||||
| NK [CEL7g] | |||||||||
| OG [CEL2l] | |||||||||
| OH [CEL3b] | |||||||||
| OI [CEL51] | |||||||||
| OJ [CEL6r] | |||||||||
| OK [CEL7h] | |||||||||
| PG [CEL2m] | |||||||||
| PH [CEL3c] | |||||||||
| PI [CEL52] | |||||||||
| PJ [CEL6s] | |||||||||
| PK [CEL8i] | |||||||||
| QG [CEL2n] | |||||||||
| QH [CEL3d] | |||||||||
| QI [CEL53] | |||||||||
| QJ [CEL6t] | |||||||||
| QK [CEL8j] | |||||||||
| RG [CEL2o] | |||||||||
| RH [CEL3e] | |||||||||
| RI [CEL54] | |||||||||
| RJ [CEL6u] | |||||||||
| RK [CEL8k] | |||||||||
| SG [CEL2p] | |||||||||
| SH [CEL3f] | |||||||||
| SI [CEL55] | |||||||||
| SJ [CEL6v] | |||||||||
| SK [CEL8l] | |||||||||
| TF [CEL10] | |||||||||
| TG [CEL2q] | |||||||||
| TH [CEL3g] | |||||||||
| TI [CEL56] | |||||||||
| TJ [CEL6w] | |||||||||
| TK [CEL8m] | |||||||||
| UF [CEL11] | |||||||||
| UG [CEL2r] | |||||||||
| UH [CEL3h] | |||||||||
| UI [CEL57] | |||||||||
| UJ [CEL6x] | |||||||||
| UK [CEL8n] | |||||||||
| VF [CEL12] | |||||||||
| VG [CEL2s] | |||||||||
| VH [CEL4i] | |||||||||
| VI [CEL58] | |||||||||
| VJ [CEL6y] | |||||||||
| VK [CEL8o] | |||||||||
| WF [CEL13] | |||||||||
| WG [CEL2t] | |||||||||
| WH [CEL4j] | |||||||||
| WI [CEL59] | |||||||||
| WJ [CEL6z] | |||||||||
| WK [CEL8p] | |||||||||
| XF [CEL14] | |||||||||
| XG [CEL2u] | |||||||||
| XH [CEL4k] | |||||||||
| XI [CEL5a] | |||||||||
| XJ [CEL70] | |||||||||
| XK [CEL8q] | |||||||||
| YF [CEL15] | |||||||||
| YG [CEL2v] | |||||||||
| YH [CEL4l] | |||||||||
| YI [CEL5b] | |||||||||
| YJ [CEL71] | |||||||||
| YK [CEL8r] | |||||||||
| ZF [CEL16] | |||||||||
| ZG [CEL2w] | |||||||||
| ZH [CEL4m] | |||||||||
| ZI [CEL5c] | |||||||||
| ZJ [CEL72] | |||||||||
| ZK [CEL8s] | |||||||||
| 7 | SODIUM ION | AM [L13c] | Non-polymeric | - | - |
Not available
/ Not available |
Atomic | ||
| AN [L24n] | |||||||||
| AO [L30t] | |||||||||
| AP [L40D] | |||||||||
| AQ [L47K] | |||||||||
| AR [L57U] | |||||||||
| AS [L73e] | |||||||||
| AT [L77i] | |||||||||
| AU [L84p] | |||||||||
| AV [L93y] | |||||||||
| AW [L111Q] | |||||||||
| BM [L13c] | |||||||||
| BN [L25o] | |||||||||
| BO [L31u] | |||||||||
| BP [L40D] | |||||||||
| BQ [L47K] | |||||||||
| BR [L57U] | |||||||||
| BS [L73e] | |||||||||
| BT [L77i] | |||||||||
| BU [L84p] | |||||||||
| BV [L95A] | |||||||||
| BW [L111Q] | |||||||||
| CM [L14d] | |||||||||
| CN [L25o] | |||||||||
| CO [L33w] | |||||||||
| CP [L40D] | |||||||||
| CQ [L47K] | |||||||||
| CR [L57U] | |||||||||
| CS [L73e] | |||||||||
| CT [L77i] | |||||||||
| CU [L84p] | |||||||||
| CV [L95A] | |||||||||
| CW [L111Q] | |||||||||
| DM [L14d] | |||||||||
| DN [L25o] | |||||||||
| DO [L33w] | |||||||||
| DP [L40D] | |||||||||
| DQ [L48L] | |||||||||
| DR [L57U] | |||||||||
| DS [L73e] | |||||||||
| DT [L77i] | |||||||||
| DU [L84p] | |||||||||
| DV [L95A] | |||||||||
| DW [L111Q] | |||||||||
| EM [L14d] | |||||||||
| EN [L25o] | |||||||||
| EO [L33w] | |||||||||
| EP [L40D] | |||||||||
| EQ [L49M] | |||||||||
| ER [L57U] | |||||||||
| ES [L73e] | |||||||||
| ET [L77i] | |||||||||
| EU [L84p] | |||||||||
| EV [L95A] | |||||||||
| EW [L111Q] | |||||||||
| FM [L14d] | |||||||||
| FN [L25o] | |||||||||
| FO [L35y] | |||||||||
| FP [L40D] | |||||||||
| FQ [L49M] | |||||||||
| FR [L57U] | |||||||||
| FS [L73e] | |||||||||
| FT [L77i] | |||||||||
| FU [L84p] | |||||||||
| FV [L96B] | |||||||||
| FW [L111Q] | |||||||||
| GM [L14d] | |||||||||
| GN [L25o] | |||||||||
| GO [L35y] | |||||||||
| GP [L40D] | |||||||||
| GQ [L49M] | |||||||||
| GR [L590] | |||||||||
| GS [L73e] | |||||||||
| GT [L77i] | |||||||||
| GU [L84p] | |||||||||
| GV [L96B] | |||||||||
| GW [L111Q] | |||||||||
| HL [L54] | |||||||||
| HM [L15e] | |||||||||
| HN [L25o] | |||||||||
| HO [L35y] | |||||||||
| HP [L40D] | |||||||||
| HQ [L50N] | |||||||||
| HR [L601] | |||||||||
| HS [L73e] | |||||||||
| HT [L77i] | |||||||||
| HU [L84p] | |||||||||
| HV [L96B] | |||||||||
| HW [L111Q] | |||||||||
| IL [L76] | |||||||||
| IM [L16f] | |||||||||
| IN [L25o] | |||||||||
| IO [L35y] | |||||||||
| IP [L40D] | |||||||||
| IQ [L50N] | |||||||||
| IR [L601] | |||||||||
| IS [L73e] | |||||||||
| IT [L77i] | |||||||||
| IU [L84p] | |||||||||
| IV [L96B] | |||||||||
| IW [L111Q] | |||||||||
| JL [L76] | |||||||||
| JM [L16f] | |||||||||
| JN [L25o] | |||||||||
| JO [L36z] | |||||||||
| JP [L40D] | |||||||||
| JQ [L50N] | |||||||||
| JR [L601] | |||||||||
| JS [L73e] | |||||||||
| JT [L77i] | |||||||||
| JU [L84p] | |||||||||
| JV [L96B] | |||||||||
| JW [L111Q] | |||||||||
| KL [L76] | |||||||||
| KM [L16f] | |||||||||
| KN [L25o] | |||||||||
| KO [L36z] | |||||||||
| KP [L40D] | |||||||||
| KQ [L50N] | |||||||||
| KR [L601] | |||||||||
| KS [L73e] | |||||||||
| KT [L77i] | |||||||||
| KU [L84p] | |||||||||
| KV [L98D] | |||||||||
| KW [L111Q] | |||||||||
| LL [L76] | |||||||||
| LM [L16f] | |||||||||
| LN [L25o] | |||||||||
| LO [L36z] | |||||||||
| LP [L40D] | |||||||||
| LQ [L52P] | |||||||||
| LR [L601] | |||||||||
| LS [L73e] | |||||||||
| LT [L77i] | |||||||||
| LU [L85q] | |||||||||
| LV [L99E] | |||||||||
| LW [L111Q] | |||||||||
| ML [L76] | |||||||||
| MM [L16f] | |||||||||
| MN [L27q] | |||||||||
| MO [L37A] | |||||||||
| MP [L41E] | |||||||||
| MQ [L55S] | |||||||||
| MR [L612] | |||||||||
| MS [L73e] | |||||||||
| MT [L77i] | |||||||||
| MU [L85q] | |||||||||
| MV [L99E] | |||||||||
| MW [L111Q] | |||||||||
| NL [L76] | |||||||||
| NM [L16f] | |||||||||
| NN [L27q] | |||||||||
| NO [L37A] | |||||||||
| NP [L41E] | |||||||||
| NQ [L55S] | |||||||||
| NR [L634] | |||||||||
| NS [L73e] | |||||||||
| NT [L78j] | |||||||||
| NU [L86r] | |||||||||
| NV [L100F] | |||||||||
| NW [L111Q] | |||||||||
| OL [L76] | |||||||||
| OM [L18h] | |||||||||
| ON [L27q] | |||||||||
| OO [L37A] | |||||||||
| OP [L42F] | |||||||||
| OQ [L55S] | |||||||||
| OR [L645] | |||||||||
| OS [L73e] | |||||||||
| OT [L79k] | |||||||||
| OU [L91w] | |||||||||
| OV [L100F] | |||||||||
| OW [L111Q] | |||||||||
| PL [L76] | |||||||||
| PM [L18h] | |||||||||
| PN [L27q] | |||||||||
| PO [L37A] | |||||||||
| PP [L43G] | |||||||||
| PQ [L55S] | |||||||||
| PR [L645] | |||||||||
| PS [L73e] | |||||||||
| PT [L80l] | |||||||||
| PU [L91w] | |||||||||
| PV [L100F] | |||||||||
| PW [L111Q] | |||||||||
| QL [L87] | |||||||||
| QM [L18h] | |||||||||
| QN [L27q] | |||||||||
| QO [L37A] | |||||||||
| QP [L45I] | |||||||||
| QQ [L55S] | |||||||||
| QR [L645] | |||||||||
| QS [L73e] | |||||||||
| QT [L80l] | |||||||||
| QU [L91w] | |||||||||
| QV [L100F] | |||||||||
| QW [L111Q] | |||||||||
| RL [L87] | |||||||||
| RM [L18h] | |||||||||
| RN [L27q] | |||||||||
| RO [L37A] | |||||||||
| RP [L46J] | |||||||||
| RQ [L55S] | |||||||||
| RR [L645] | |||||||||
| RS [L73e] | |||||||||
| RT [L81m] | |||||||||
| RU [L91w] | |||||||||
| RV [L100F] | |||||||||
| RW [L111Q] | |||||||||
| SL [L87] | |||||||||
| SM [L19i] | |||||||||
| SN [L27q] | |||||||||
| SO [L38B] | |||||||||
| SP [L46J] | |||||||||
| SQ [L55S] | |||||||||
| SR [L645] | |||||||||
| SS [L73e] | |||||||||
| ST [L82n] | |||||||||
| SU [L91w] | |||||||||
| SV [L100F] | |||||||||
| SW [L111Q] | |||||||||
| TL [L87] | |||||||||
| TM [L21k] | |||||||||
| TN [L27q] | |||||||||
| TO [L38B] | |||||||||
| TP [L47K] | |||||||||
| TQ [L55S] | |||||||||
| TR [L645] | |||||||||
| TS [L73e] | |||||||||
| TT [L83o] | |||||||||
| TU [L92x] | |||||||||
| TV [L102H] | |||||||||
| TW [L114T] | |||||||||
| UL [L87] | |||||||||
| UM [L22l] | |||||||||
| UN [L28r] | |||||||||
| UO [L38B] | |||||||||
| UP [L47K] | |||||||||
| UQ [L55S] | |||||||||
| UR [L645] | |||||||||
| US [L74f] | |||||||||
| UT [L84p] | |||||||||
| UU [L92x] | |||||||||
| UV [L104J] | |||||||||
| UW [L114T] | |||||||||
| VL [L98] | |||||||||
| VM [L23m] | |||||||||
| VN [L29s] | |||||||||
| VO [L38B] | |||||||||
| VP [L47K] | |||||||||
| VQ [L56T] | |||||||||
| VR [L667] | |||||||||
| VS [L76h] | |||||||||
| VT [L84p] | |||||||||
| VU [L92x] | |||||||||
| VV [L105K] | |||||||||
| WL [L98] | |||||||||
| WM [L24n] | |||||||||
| WN [L29s] | |||||||||
| WO [L38B] | |||||||||
| WP [L47K] | |||||||||
| WQ [L56T] | |||||||||
| WR [L69a] | |||||||||
| WS [L76h] | |||||||||
| WT [L84p] | |||||||||
| WU [L92x] | |||||||||
| WV [L105K] | |||||||||
| XL [L98] | |||||||||
| XM [L24n] | |||||||||
| XN [L29s] | |||||||||
| XO [L38B] | |||||||||
| XP [L47K] | |||||||||
| XQ [L56T] | |||||||||
| XR [L69a] | |||||||||
| XS [L76h] | |||||||||
| XT [L84p] | |||||||||
| XU [L92x] | |||||||||
| XV [L106L] | |||||||||
| YL [L12b] | |||||||||
| YM [L24n] | |||||||||
| YN [L29s] | |||||||||
| YO [L38B] | |||||||||
| YP [L47K] | |||||||||
| YQ [L57U] | |||||||||
| YR [L69a] | |||||||||
| YS [L77i] | |||||||||
| YT [L84p] | |||||||||
| YU [L92x] | |||||||||
| YV [L107M] | |||||||||
| ZL [L12b] | |||||||||
| ZM [L24n] | |||||||||
| ZN [L30t] | |||||||||
| ZO [L38B] | |||||||||
| ZP [L47K] | |||||||||
| ZQ [L57U] | |||||||||
| ZR [L70b] | |||||||||
| ZS [L77i] | |||||||||
| ZT [L84p] | |||||||||
| ZU [L92x] | |||||||||
| ZV [L111Q] | |||||||||
| 8 | water | AX [L87] | Non-polymeric | - | - |
Not available
/ Not available |
Atomic | ||
| AY [L37A] | |||||||||
| AZ [L645] | |||||||||
| BX [L98] | |||||||||
| BY [L38B] | |||||||||
| BZ [L656] | |||||||||
| CX [L11a] | |||||||||
| CY [L39C] | |||||||||
| CZ [L667] | |||||||||
| DX [L12b] | |||||||||
| DY [L40D] | |||||||||
| DZ [L69a] | |||||||||
| EX [L13c] | |||||||||
| EY [L41E] | |||||||||
| EZ [L70b] | |||||||||
| FX [L14d] | |||||||||
| FY [L42F] | |||||||||
| FZ [L71c] | |||||||||
| GX [L15e] | |||||||||
| GY [L43G] | |||||||||
| GZ [L73e] | |||||||||
| HX [L16f] | |||||||||
| HY [L44H] | |||||||||
| HZ [L74f] | |||||||||
| IX [L17g] | |||||||||
| IY [L45I] | |||||||||
| IZ [L75g] | |||||||||
| JX [L18h] | |||||||||
| JY [L46J] | |||||||||
| JZ [L76h] | |||||||||
| KX [L19i] | |||||||||
| KY [L47K] | |||||||||
| KZ [L77i] | |||||||||
| LX [L21k] | |||||||||
| LY [L48L] | |||||||||
| LZ [L78j] | |||||||||
| MX [L22l] | |||||||||
| MY [L49M] | |||||||||
| MZ [L79k] | |||||||||
| NX [L23m] | |||||||||
| NY [L50N] | |||||||||
| NZ [L80l] | |||||||||
| OX [L24n] | |||||||||
| OY [L51O] | |||||||||
| OZ [L81m] | |||||||||
| PX [L25o] | |||||||||
| PY [L52P] | |||||||||
| PZ [L82n] | |||||||||
| QX [L26p] | |||||||||
| QY [L54R] | |||||||||
| QZ [L83o] | |||||||||
| RX [L27q] | |||||||||
| RY [L55S] | |||||||||
| RZ [L84p] | |||||||||
| SX [L28r] | |||||||||
| SY [L56T] | |||||||||
| SZ [L85q] | |||||||||
| TX [L29s] | |||||||||
| TY [L57U] | |||||||||
| TZ [L86r] | |||||||||
| UX [L30t] | |||||||||
| UY [L58V] | |||||||||
| UZ [L87s] | |||||||||
| VW [L10] | |||||||||
| VX [L31u] | |||||||||
| VY [L590] | |||||||||
| VZ [L88t] | |||||||||
| WW [L21] | |||||||||
| WX [L33w] | |||||||||
| WY [L601] | |||||||||
| WZ [L89u] | |||||||||
| XW [L43] | |||||||||
| XX [L34x] | |||||||||
| XY [L612] | |||||||||
| XZ [L91w] | |||||||||
| YW [L54] | |||||||||
| YX [L35y] | |||||||||
| YY [L623] | |||||||||
| YZ [L92x] | |||||||||
| ZW [L76] | |||||||||
| ZX [L36z] | |||||||||
| ZY [L634] | |||||||||
| ZZ [L93y] | |||||||||
| AAA [L94z] | |||||||||
| BAA [L95A] | |||||||||
| CAA [L96B] | |||||||||
| DAA [L97C] | |||||||||
| EAA [L98D] | |||||||||
| FAA [L99E] | |||||||||
| GAA [L100F] | |||||||||
| HAA [L101G] | |||||||||
| IAA [L102H] | |||||||||
| JAA [L103I] | |||||||||
| KAA [L104J] | |||||||||
| LAA [L105K] | |||||||||
| MAA [L106L] | |||||||||
| NAA [L107M] | |||||||||
| OAA [L108N] | |||||||||
| PAA [L109O] | |||||||||
| QAA [L110P] | |||||||||
| RAA [L111Q] | |||||||||
| SAA [L112R] | |||||||||
| TAA [L113S] | |||||||||
| UAA [L114T] | |||||||||
| 2 | Xylan-m2 | BF [X43G] | Non-polymeric | - | - |
Not available
/ Not available |
Atomic | ||
| CF [X44H] | |||||||||
| DF [X45I] | |||||||||
| EF [X46J] | |||||||||
| FF [X47K] | |||||||||
| GE [X1l] | |||||||||
| HE [X2m] | |||||||||
| IE [X3n] | |||||||||
| JE [X4o] | |||||||||
| KE [X5p] | |||||||||
| LD [X220] | |||||||||
| MD [X231] | |||||||||
| ND [X242] | |||||||||
| OD [X253] | |||||||||
| PD [X264] | |||||||||
| 3 | Xylan-m4 | GF [X48L] | Non-polymeric | - | - |
Not available
/ Not available |
Atomic | ||
| HF [X49M] | |||||||||
| IF [X50N] | |||||||||
| JF [X51O] | |||||||||
| KF [X52P] | |||||||||
| LE [X6q] | |||||||||
| ME [X7r] | |||||||||
| NE [X8s] | |||||||||
| OE [X9t] | |||||||||
| PE [X10u] | |||||||||
| QD [X275] | |||||||||
| RD [X286] | |||||||||
| SD [X297] | |||||||||
| TD [X308] | |||||||||
| UD [X319] | |||||||||
| 4 | Xylan-m6 | LF [X53Q] | Non-polymeric | - | - |
Not available
/ Not available |
Atomic | ||
| MF [X54R] | |||||||||
| NF [X55S] | |||||||||
| OF [X56T] | |||||||||
| PF [X57U] | |||||||||
| QE [X11v] | |||||||||
| RE [X12w] | |||||||||
| SE [X13x] | |||||||||
| TE [X14y] | |||||||||
| UE [X15z] | |||||||||
| VD [X32a] | |||||||||
| WD [X33b] | |||||||||
| XD [X34c] | |||||||||
| YD [X35d] | |||||||||
| ZD [X36e] |
2.3. Datasets used for modeling ?
There are 2 unique datasets used to build the models in this entry.| ID | Dataset type | Database name | Data access code |
|---|---|---|---|
|
1
|
De Novo model
|
Zenodo
|
|
|
2
|
NMR data
|
Zenodo
|
2.4. Methodology and software?
This entry is a result of 1 distinct protocol.| Step number | Protocol ID | Method name | Method type | Method description | Number of computed models | Multi state modeling | Multi scale modeling |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
1
|
1
|
Initial Polymer Placement
|
Molecular Placement of Cellulose, Xylan and Lignin
|
Not available
|
Not available
|
False
|
False
|
|
2
|
1
|
Equilibration with Molecular Dynamics
|
A series of compression simulations to assemble the matrix polymers (xylan and lignin) onto the xylan coated cellulose microfibril. This is followed by the placement of water molecules and ions for charge neutrality. Experimentally observed density values are used as a validation metric at this stage. For further details see cited manuscript DOI:10.1126/sciadv.adi7965
|
Not available
|
Not available
|
False
|
False
|
|
3
|
1
|
Production Simulations in the NVT ensemble
|
This step involves running molecular dynamics for 100ns (50,000,000 steps with a 2fs timestep) to explore the dynamics of biopolymeric components. Periodic boundary conditions are considered for the simulations. For further details see cited manuscript DOI:10.1126/sciadv.adi7965 . CHARMM compatible files for this system are available for download, visualization and analsis at https://doi.org/10.5281/zenodo.10179190
|
Not available
|
Not available
|
False
|
False
|
|
4
|
1
|
Proximity Calculations for Reproduction of ssNMR Observables
|
This step involves calculating the fraction of 'sink' atom type within 1nm of a 'source' atom type. The source and sink atoms are chosen based on ssNMR experiments. There are two types of sources Xylan-sourced (methyl carbon on the acetate group attached to xylose) or Lignin-Sourced (Ring atoms C3 and C5 on the Syringyl residues and atoms C4 and C3 on the Guaicol residues of lignin). The sink atoms for Xylan-sources include Cellulose atoms (C4 atom on Glucose) and Lignin atoms (Ring atoms C3 and C5 on the Syringyl residues and atoms C4 and C3 on the Guaicol residues). The sink atoms for Lignin-sources include Cellulose atoms (C4 atom on Glucose) and Xylan atoms (methyl carbon (CA2) on the acetate group attached to xylose). For a chosen source atom in the system, a count of sink atoms within 1nm of that source atom is calculated. This is repeated for each and every source atom and the total count is used to calculate the fraction of sink atoms within 1nm of the source atom. This metric also measured by ssNMR, is used to validate the spatial arrangement of polymers in the atomistic model. For further details see cited manuscript DOI:10.1126/sciadv.adi7965
|
Not available
|
Not available
|
False
|
False
|
| ID | Software name | Software version | Software classification | Software location |
|---|---|---|---|---|
|
1
|
C44a
|
model building
|