PDB-IHM

PDB-IHM検証レポート

PDB-Devの検証レポートは、IHM TaskForce (Berman et al. 2019)のガイドラインと推奨条件に基づいて作成されました。PDB-IHM検証レポートの現在のバージョンは (i) モデルの構成、(ii) データ品質評価、(iii) モデル品質評価、(iv) モデルの構築に使用されたデータへの適合という 4 つのカテゴリで構成されます。 5番目のカテゴリー、モデルの検証に使用されるデータへの適合は開発中です。データ品質評価とモデリング カテゴリに使用されるデータへの適合は、統合モデリングで使用されるさまざまな種類の実験データに依存します。このセクションは実験データの種類に基づいて分類し、各方法を個別に扱います。 現在の検証レポートのバージョンは、小角散乱 (SAS) および化学架橋質量分析 (crosslinking-MS) データを使用して構築されたモデルの検証に注目され、wwPDB SAS 検証タスクフォース （Trewhella et al. 2017） および crosslinking-MS コミュニティ (Leitner et al., 2020) によって公開されたモデルおよびデータ検証ガイドラインに基づいています。

フェルスター共鳴エネルギー移転 (FRET)、および 3D 電子顕微鏡 (3DEM) のデータを使用して構築されたモデルの検証は開発中であり、次のバージョンの検証レポートに含まれる予定です。

検証レポートの各セクションについての詳細な説明はユーザーガイドの中にあります。

参考文献

1. Berman, Helen M., Paul D. Adams, Alexandre A. Bonvin, Stephen K. Burley, Bridget Carragher, Wah Chiu, Frank DiMaio, et al. 2019. “Federating Structural Models and Data: Outcomes from A Workshop on Archiving Integrative Structures.” Structure 27 (12): 1745–59.

2. Trewhella, Jill, Anthony P. Duff, Dominique Durand, Frank Gabel, J. Mitchell Guss, Wayne A. Hendrickson, Greg L. Hura, et al. 2017. “2017 Publication Guidelines for Structural Modelling of Small-Angle Scattering Data from Biomolecules in Solution: An Update.” Acta Crystallographica. Section D, Structural Biology 73 (Pt 9): 710–28.

3. Leitner, Alexander, Alexandre Bonvin, et al. 2020. "Toward Increased Reliability, Transparency, and Accessibility in Cross-linking Mass Spectrometry." Structure 28 (11): 1259-1268.