PDB-IHMへようこそ
PDB-IHM はNSF、DOE、NIH、さらにAMED-BINDSにより支援され，Integrative/Hybridモデリング法を用いて得された構造モデルのアーカイブシステムです。多くの複雑な高分子集合体の構造特性の解析は、実験と計算を補完する技術を組み合わせて構造を決定し、Integrativeモデリング法を用いて行われることが多くなっています。Integrativeモデリングによって得られた構造モデルは、PDB-IHMを通じて収集・アーカイブ化され、一般に公開されています。PDB-IHM は最近 PDB アーカイブと統合され、実験構造とともに統合構造も提供しています。統合構造にはPDBアクセッションコードが提供され、PDBアーカイブやwwPDBからアクセスできるようになりました。
リリースされた構造
ニュース
PDB-IHMの論文
PDB アーカイブとの統合を含む PDB-IHM の最近の更新が、Journal of Molecular Biology に掲載されました: Vallat B et al., PDB-IHM: A System for Deposition, Curation, Validation, and Dissemination of Integrative Structures, J Mol Biol. 2025; 168963. doi: 10.1016/j.jmb.2025.168963. 全文を読む...
IHM検証ソフトウェアバージョン2はクロスリンクMSデータをサポートしています
IHM 検証ソフトウェアのバージョン 2 (V2) がリリースされました。更新された検証ソフトウェアが PDB-IHM 登録およびデータ収集システムに実装され、リリースされたすべてのエントリの V2 検証レポートが再生成され、公開されました。更新されたバージョンでは、IHM 検証が拡張され、これまでサポートしている小角散乱 (SAS) データに加えて、化学架橋質量分析 (Crosslinking-MS) データから取得された構造も含まれるようになりました。 Crosslinking-MS コミュニティと協力して、Crosslinking-MS に基づく構造の検証を可能にするために、PRIDE リポジトリ と相互運用するためのメカニズムが開発されました。全文を読む...
PDB-DevがPDB-IHMにリブランド
2024 年 8 月、PDB-Dev は PDB と統合され、PDB アーカイブにアーカイブされた実験構造とともに統合構造が提供されるようになりました。統合に伴い、PDB-Dev は PDB-IHM にブランド名が変更されました。全文を読む...
統合構造のwwPDB DOIとDOIランディングページ
現時点で、PDB-IHM の統合構造は PDBアーカイブにある225,000を超える実験構造とともに、wwPDB Digital Object Identifier（DOI）ランディングページで利用可能になりました。DOI ランディング ページは、PDB-IHMのリリース済みのエントリおよび保留中のエントリは両方で利用できます。全文を読む...
PDBアーカイブの統合構造
統合とハイブリッド構造決定法(IHM)によって決定された構造は、PDBアーカイブで実験構造とともに利用できるようになりました。ユーザーは PDB archive からIHM構造および関連データにアクセスし、ダウンロードすることができます。現在、JSON形式の保留ファイル、PDF形式の検証レポート（概要レポートと完全レポート）、PDBx/mmCIF形式のモデルファイルが提供されています。全文を読む...